經絡學說在臨床上可以應用于解釋病理變化、協助疾病診斷，以及指導臨床治療三個方面。

1、解釋病理變化

經絡與疾病的發(fā)生、傳變有密切的關系。某一經絡功能異常，就易遭受外邪的侵襲，既病之后，外邪又可沿著經絡進一步內傳臟腑。經絡不僅是外邪由表入里的傳變途徑，而且也是內臟之間、內臟與體表組織間病變相互影響的途徑。

2、協助疾病診斷

由于經絡有一定的循行部位和臟腑絡屬，可以反映所屬臟腑的病證。因而在臨床上，就可以根據疾病所出現的癥狀，結合經絡循行的部位及所聯系的臟腑，作為臨床診斷的依據。如脅痛，多病在肝膽，脅部是肝經和膽經的循行之處。近年來，人們根據經絡循行通路，或經氣聚集的某些穴位上出現的疼痛、結節(jié)、條索狀等反應物，以及皮膚的形態(tài)、溫度、電阻改變等來診斷和治療疾病，如肺臟有病，中府穴可有壓痛。

3、指導臨床治療

經絡學說早已被廣泛用于指導臨床各科的治療，特別是李杲還根據經絡學說，創(chuàng)立了“引經報使藥”理論。如治頭痛，屬太陽經的用羌活；屬少陽經的用柴胡。